Después de haber descubierto la organización Nest en King of Fighters 99, nuestros héroes se dieron la tarea de saber que tramaba en realidad Nest y por qué le interesaba tanto Kof. Para esto, la historia se enfoca ya no en Kyo ni en Iori, si no ahora se enfoca en K´. Así es, el clon de Kyo ya que K´ y el medio que lo rodea es todo un misterio.

Y todavía estaba la modalidad de 4vs4 y así hubo nuevos integrantes que entraron y algunos que salieron. Entre los nuevos tenemos a Lin, Vanessa, Ramon y Seth. Pero esos no son todos, había una peleadora secreta que se hacía llamar Kula y al parecer ella era parte de Nets. Su misión era destruir a K´.

Otra cosa también interesante, es que aun Iori y Kyo seguían sin equipo, en fin por otro lado así comenzó el Torneo KOF2000 aquí están todos sus integrantes.

Esta vez todos los integrantes del Kof hicieron una estrategia para poder saber que tramaba Nest y así empezó el torneo, con muchas peleas y las modalidades eran las mismas 4VS4.

Los luchadores que destacaron fueron los del equipo de Benimaru, pero ahora dirigido por el Misterioso K´ .En plena mitad de torneo fueron llevados a pelear con una peleadora llamada Kula.

Y así K´ logra vencer a Kula y aunque ella al parecer no lucho con todas sus fuerzas, desapareció. Mientras por otro lado, el comandante Heidern es sorprendido por un grupo de traidores que son agentes de la organización Nest, pero de repente se ve impresionado por el poder de uno de ellos que se llama Zero el cual le comunica a Heidern que el es el organizador del Torneo.

Para esto Nest tomaba el control de todo el Torneo y así Zero le comenta sus planes a Heidern, pero nuestro héroe no se queda callado y logra convencer a los agentes que todo era un plan maléfico y que en cuanto Nest tuviera lo que quería los iba a a destruir. Pero una sonrisa escandalosa rompe esa discusión.

De repente suena una alarma y uno de los agentes le comunica a Zero que los ganadores era el equipo de K´, entonces el dijo que entraba el Plan Project 00.
De repente entra un hombre igual a Zero. Todos se quedaron atónitos y con rapidez, le quita la vida a Zero. Pero para esto el hombre que se hace presente se hace llamar Zero el cual explica que el Zero anterior sólo era un clon y que él era el original, el cual destruiría a K´.

Y así nuestros finalistas llegan a la escena final y Zero los recibe con mucha confianza en la batalla final. Nuestro luchadores pelearon con todo su poder, pero el poder de K´ era demasiado.

Y así Zero fue derrotado, pero para esto tenía una sorpresa ya que sacó un interruptor el cual haría activar el condensador donde se guardaba toda la energía de todos los peleadores. Afortunadamente el botón no se acciona ya que el comandante Heidern logra ser rescatado y mientras peleaban, su escuadrón logra desactivar el condensador.

De repente una luz avienta a Zero, en eso dos chicas extrañan llegan con Zero y le comunican que no tiene nada que hacer ya ahí y se lo llevan.

Después de que se llevaron a Zero, una luz deslumbro todo y una vez más K´ y Maxima desaparecieron y Ramon viendo en el suelo a Vanessa, la recoge y la saca.

Por otro lado K´ queda inconsciente y mientras estaba inconsciente ve la cara de una niña llorando, de repente Maxima lo hace entrar en razón y K´ queda inquieto por esa situación. De repente se encuentra a Whip y él se queda atónito y ve que Whip tiene un gran parecido a esa niña y ella le dice que si acaso era un niño llorón. Él la reta, pero ella, con descaro, dice: "primero cose tu guante" y él del coraje, lo rompe y ella desaparece.