En el torneo de 2003 volvió a aparecer la figura de Orochi , y todo terminó en un convulso final. Aprovechando la confusión que provocó Mukai, Ash consiguió robar el espejo Yata, la fuente de poder de Chizuru, logrando el primero de sus objetivos.

Dos años después, comienzan a llegar las invitaciones del noveno torneo King of Fighters, creando confusión entre los luchadores. Algunos que llevaban varios años participando, abandonan la escena, y por otra parte aparecen nuevos y misteriosos participantes.

Todo el mundo tiene el ojo puesto en Ash, aunque también temen el posible regreso de Orochi…

Algunas caras que habían estado presentes desde los inicios, desaparecieron de la plantilla. De esta manera, hay que decir adiós a Joe, Mai, Robert o Leona, entre otros… aunque algunos vuelven en la versión de PlayStation 2.

A cambio, algunos personajes de otras sagas aparecen por primera vez, como Duck King o Bonne Jennet. También hay que dar la bienvenida de nuevo a un renovado y poderoso Eiji Kisaragi, que sólo había estado como personaje jugable en King of Fighters '95.

Por otra parte, se incorporan tres personajes jugables: Oswald (un luchador irlandés que usa cartas) en el Hero Team

Elisabeth Blanctorche (una noble francesa)

Momoko, una adorable luchadora de capoeira que hace compañía a Athena y a Sie.

También son nuevos el jefe final (Magaki) su ayudante Shion, que tiene un papel decisivo en el final del juego.

Hay dos tipos especiales de cambio: uno defensivo (Saving Shift), y otro ofensivo (Quick Shift), y para utilizarlos tendremos que hacer uso de una barra de energía que también es nueva: la Skill bar.

Esta barra se llena automáticamente, y también sirve para ejecutar Super y Dream Cancels. Estos últimos movimientos también son nuevos, y consisten en cancelar un Desperation Move con un Leader Desperation Move, por tanto sólo pueden hacerse con el líder del equipo.

Otra característica original es el hecho de que ahora cada personaje tiene un nivel de defensa distinto, y algunos son más susceptibles que otros a quedarse "atontados" después de una serie de ataques. Esto es algo que tendremos que tener en cuenta dependiendo de nuestro estilo de lucha.

Por último, también hay que destacar el Judgement System, que hace que no tengamos asegurada la victoria de un combate a pesar de que tengamos más energía que el rival cuando se agote el tiempo. Si observamos el indicador central, hay una rueda que va girando dependiendo de lo bien que lo esté haciendo un equipo. Se pone rojo si el primer jugador lucha mejor o azul si pasa lo contrario, así que ahora hay que echar un ojo a esta ruleta en los últimos segundos de cada combate.

En el combate final, el equipo de Ash logra derrotar a Magaki tras un duro combate, ya que Orochi había resucitado casi por completo. Tras la batalla, Magaki pretende escapar a otra dimensión para recuperarse, pero en el último momento Shion le traiciona, asestándole un golpe mortal que le deja sin vida en nuestro mundo.

El equipo de Heidern consigue robar el cuerpo de Magaki mientras lo examina la policía, demostrando que se trata de un ser de otro mundo. Sin embargo, cuando están contándoselo a otros muchos luchadores interesados, son atacados por dos extraños personajes. Éstos admiten no tener ninguna simpatía por Magaki, pero necesitan su cuerpo por algún misterioso motivo, y no admiten negociaciones…

Por otra parte, Ash consigue salirse con la suya una vez más, ya que enfrenta a sus compañeros a muerte, después de revelarle a Oswald que la única manera de que llegue a un productor de droga es eliminando a Shen Woo.

Sin conocer el desenlace de ese combate, se acerca al equipo de Iori. Éste último había enloquecido con el "Disturbio de sangre" a raíz del breve despertar de Orochi, pero Ash lo derrota fácilmente al utilizar el poder robado a Chizuru. Una vez que ha conseguido el poder de Iori, sólo le queda vencer a Kyo Kusanagi para lograr su objetivo…